Игра предоставляет игрокам возможность выбрать сторону одну из четырёх фракций. Какую фракцию выбрать в Fallout 4? От выбора фракции напрямую зависит дальнейшее развитие сюжета. В игре имеются всего четыре основных фракции:
- Минитмены. Нейтрально настроенная по отношению к другим фракциям группа людей, которая строит и развивает поселения. Предпочитает расширятся за счёт мирной экспансии, в ней никто не враждует, и она не с кем не враждует. С самого начала игры (как только покинет убежище и отправится разведывать местность) игрок может присоединиться к ней.
- Подземка. Группа роботов, обладающая развитым самосознанием, которые сбежали от Института. Главной целью является уничтожении Института и Братства Стали, а затем создание своего социума.
- Братство Стали. Данная фракция прибыла на дирижабле «Придвен». Считает, что оставшиеся довоенные технологии и развитие науки должно находится под пристальным контролем, дабы избежать повторения атомной войны. Главной целью является уничтожение всех синтетиков Подземки и прекращение деятельности Института.
- Институт. Тайная научная организация, обитающая в подземельях Бостона. Она имеет больше всего врагов и тайн. Состоит из учёных и их синтетических слуг. Главные враги – взбунтовавшиеся синты Подземки и Братство Стали. Основная цель – стремительное развитие технологий и возрождение цивилизации.
Выбор фракции производится полностью на ваше усмотрение. Однако помните, что выбор той или иной фракции сильно повлияет на развитие сюжета.